dd if=/dev/sda|ssh user@host "dd of=backup_file"
Скорость ограничена только мощёй машины и каналов. Обратно
ssh user@host "dd if=backup_file"|dd of=/dev/sda
Копируется всё и пофиг на файловую систему ;)) Можно даже таким образом переехать на бОльший винт (правда, потом придётся аккуратно править таблицу разбиения диска)
P.S. По желанию в поток можно воткнуть bzip2 или gzip
